يعتبر صدور قانون الجامعات الخاصة والأهلية رقم 12 لسنة 2009 ولائحته التنفيذية الصادرة بالقرار الجمهوري رقم 302 لسنة 2010، بداية وجود مجلساً للجامعات الخاصة والأهلية. وبتحويل جامعات من خاصة إلى جامعات أهلية وكذلك إنشاء جامعات أهلية جديدة وفى ضوء إنشاء جامعات أهلية دولية والتي صدرت لها القرارات الجمهورية عام 2020، الأمر الذي تطلب ضرورة وجود مجلس مستقل للجامعات الأهلية نظرا للطبيعة الخاصة لهذه الجامعات وبصدور القانون رقم 154 لسنة 2021 لتعديل القانون رقم 12 لسنة 2009 تم إنشاء مجلس الجامعات الأهلية.